未成熟的番茄中含有大量的特殊有毒物质，这种特殊的毒素为番茄碱，微量的番茄碱对人体的影响不是很大，但是如果食用过多，就会导致中毒的情况。中毒症状：疲乏无力，并且有恶心想吐的感觉，这是比较轻的中毒症状，如果严重的话是可以危及生命的。
空腹时胃酸分泌量增多，因番茄所含的某种化学物质与胃酸结合易形成不溶于水的块状物，食之往往引起腹痛，造成胃不适、胃胀痛。
不宜长时高温加热。因番茄红素遇光、热和氧气容易分解，失去保健作用。因此，烹调时应避免长时间高温加热。
不宜和青瓜，黄瓜同食。青瓜含有一种维生素C分解酶，会破坏其他蔬菜中的维生素C，番茄富含维生素C，如果二者一起食用，达不到补充营养的效果。
不宜吃未成熟的青色番茄。因含有毒的龙葵碱。食用未成熟的青色番茄，会感到苦涩，多吃了，严重的可导致中毒，出现头晕、恶心、周身不适、呕吐及全身疲乏等症状，严重的还会发生生命危险。
番茄排骨汤不宜和海鲜同吃，量过多易中毒。
