1、中毒性结肠扩张在急性活动期间发生，发生率约为2%。炎症影响结肠肌层和肌肉间神经丛，肠壁张力低，分阶段瘫痪，肠内容物和气体大量积累，急性结肠扩张，肠壁薄，病变多见乙型结肠和横结肠。诱因有低血钾、钡剂灌肠，使用抗胆碱性药物和鸦片类药物等。临床表现为病情快速恶化，中毒症状明显，伴有腹胀、压痛、反跳痛，肠鸣声减弱或消失，白细胞增多。x线腹平片可以看到肠腔变宽、结肠袋消失等。容易并发肠穿孔。病死率很高。
2、肠穿孔发生率在1.8%左右。多在中毒性结肠扩张的基础上发生，造成弥漫性腹膜炎，隔膜下游离气。
3、大出血是指出血量大而需要输血治疗者，其发生率为1.1%~4.0%。除因溃疡累及血管发生出血外，低凝血酶原血症亦是重要原因。
4、息肉本病息肉并发率为9.7%~39%。常被称为假性息肉。有些人分为粘膜下垂型、炎性息肉型和腺瘤息肉型。息肉的好发部位是直肠，也有人认为降低结肠和乙状结肠最多，依次减少。其结局可随炎症的痊愈而消失，随溃疡的形成而破坏，长期存留或癌变。癌变主要是来自腺癌息肉型。
5、癌变发生率报道不一，有研究认为比无结肠炎者高多倍。结肠炎的病变多见于全结肠、幼年病和病史超过10年的人。
6、小肠炎并发小肠炎病变主要表现为脐周或右下腹痛，水样方便，脂肪方便，加快患者全身衰竭。
7、与自身免疫反应有关的并发症常见者有
(1)关节炎:溃疡性结肠炎并发关节炎率在11.5%左右，其特征多在结肠炎病变严重阶段并发。以大关节受累较多见，且常为单个关节病变。关节肿胀、滑膜积液，而骨关节无损害。无风湿病血清学方面的改变。与眼睛和皮肤和皮肤特异性并发症。
(2)皮肤粘膜病变:结节性红斑多见，发生率为4.7%~6.2%。其他，如多发性脓肿、局限性脓肿、脓疱性恶化、多形红斑等。口腔黏膜顽固性溃疡亦不少见，有时为鹅口疮，治疗效果不佳。
（3）眼部病变：有虹膜炎、虹膜睫状体、葡萄膜炎、角膜溃疡等。以前者最多，发病率约5%～10%。
8、其他并发症肠腔狭窄、肛门脓肿、瘘管、贫血、肝损伤和肾损伤。此外，尚有心肌炎、栓塞性血管炎、胰腺萎缩及内分泌障碍等。
