一、避免诱因
首先要控制广谱抗生素的应用，避免通用，减少长期应用，因病长期应用者必须间隔一定阶段加入抗真菌药物，防止肠道菌群失调引起的病性真菌过度生长。其他对慢性病患者加强营养，提高身体抵抗力的糖皮质激素和免疫抑制药的免疫功能有助于减少患者口腔和肠道粘膜生理屏障的完整性，减少创伤等防止真菌性肠炎的发生。
二、防止真菌污染，治疗原发病灶
恶性肿瘤和血液病房应保持通风良好和干燥，防止真菌繁殖，增加外源感染机会。对艾滋病等免疫功能抑制患者，及时发现和治疗鹅口疮等部位的真菌感染，以免继发霉菌性肠炎。对行静脉营养的患者，以及接受血管管道检查和手术的患者，严格执行无菌操作，防止霉菌性医院内感染。
三、药物预防
对于艾滋病患者、肠道手术和器官移植术患者等高危人群，可以给予短期足量或长期少量的药物预防。
1、血液病和恶性肿瘤患者:制霉素每天口服200万u，连续5~7天，每月可应用1次。
2、艾滋病患者:氟康唑或伊曲康唑每天口服100~200mg，每月口服5~7天，或者两性霉菌素b每周口服100mg，用霉菌素悬液漱口3次/d，长期持续。
3、器官移植和肠道手术患者:制霉素50万U、3次/d、口服或氟康唑每天口服200mg，术前3天和术后7天连用。
4、低体重新生儿或早产儿:氟康唑口服12.5mg/kg。连续服用4~8周预防新生儿念珠菌肠炎。
5、预防复发:真菌性肠炎，特别是副孢子菌肠炎治疗后容易复发，艾滋病患者和其他伴随免疫功能低的慢性病患者更是如此。预防两性霉素B50mg，每周静脉滴注1次，伊曲康唑200mg，口服1次/d，用药期间每月检查肝功能1~2次，注意药物毒副作用。
