肛门常有短时间阵发性钝痛，或疼痛持续数小时，是肛窦炎的临床症状常见的表现。肛窦炎又称肛隐窝炎，常是肛管直肠部位感染性疾病的发源病灶，因症状不重，易被忽视。临床中还要注意鉴别诊断。
1、肛裂：肛裂以肛门周期性疼痛、便秘、大便带血为主症。其疼痛程度较肛隐窝炎重，疼痛时间亦较长。
2、肛周脓肿：是肛隐窝炎进一步发展的结果，主要表现为肛周疼痛，逐渐加重，酿脓时呈鸡啄样痛，伴恶寒发热等症，血常规检查白细胞明显增多，中性粒细胞亦升高。
3、肛门疼痛：肛门疼痛是多种肛门直肠疾病的临床表现。不同性质的疼痛，反映出不同的疾病特点。
4、血栓外痔：血栓外痔血栓外痔是临床多发病，常因过食辛辣刺激食物，大便临厕努挣，肛周皮下静脉破裂，血液淤积皮下而成。临床常以患者自觉肛门肿胀、疼痛有异物感为主症，检查可见肛周或肛管皮下有葡萄状暗紫色肿物，有时伴表面轻度糜烂出血。
5、肛管炎：肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，其主要症状是持续性跳动疼痛、肛门瘙痒坠涨、排便异常等。持续性跳动性疼痛，许多患者当排便时，因大便刺激肛管而导致持续性疼痛，令患者行动不便，坐卧不安。
