再障的预后因骨髓衰竭的程度、患者的年龄、治疗是否及时以及所采用的治疗方法等因素而各不相同。急性型再障，起病急骤，病情发展迅速，骨髓中造血细胞严重缺乏及伴有严重感染或出血，尤其是颅内出血。
除非骨髓移植成功，一般疗效较差，病死率高，占百分之91.6。多在起病后一年内死亡，严重者可在数月甚至数周内死亡。因贫血、感染及出血致死者，慢性再障占百分之24.6。慢性型再障，由于采用适当的治疗，病人的骨髓增生过低和全血细胞减少较轻，病情稳定，不再发展也不再进步，这类病人可生存多年，甚至20年以上。
儿童患者预后较好，用药物治疗的疗效比成人要好。早治疗比晚治疗的疗效要好。支持疗法可改善病人的体质，防止出血和感染，对延长生命以待骨髓功能逐渐恢复具有重要的意义。致死的主要原因是严重感染和颅内出血。治疗得当，极少数病人可完全恢复;尚有部分病人经过几月或几年，血和骨髓象有较明显进步，但不能完全恢复正常。再生障碍性贫血的治疗包括病因治疗、支持疗法和促进骨髓造血功能恢复的各种措施。
慢性型一般以雄激素为主，辅以其他综合治疗，经过长期不懈的努力，才能取得满意疗效，不少病例血红蛋白恢复正常，但血小板长期处于较低水平，临床无出血表现，可恢复轻工作。急性型预后差，上述治疗常无效，诊断一旦确立宜及早选用骨髓移植或抗淋巴细胞球蛋白等治疗。
