衣原体感染主要分成三种，分别是沙眼、泌尿生殖道感染以及新生儿衣原体感染，并包括鹦鹉热衣原体感染，在治疗上也应对症治疗。
一、沙眼
结膜炎衣原体感染，在医学上被称为副沙眼。
二、泌尿生殖道感染
一般是通过性传播，有子宫内膜炎、输卵管炎、附睾炎、前列腺炎、子宫颈炎，又或者是非淋菌性尿道炎。所引起的生殖道炎症和不孕症有着直接关系，而且还可能会导致特赖氏综合症。
三、新生儿衣原体感染
也可能会有女婴阴道炎、中耳炎、鼻炎，又或者是肺炎，还有一种比较罕见的就是花柳性淋巴肉芽肿衣原体感染，也是通过性传播所导致。
四、鹦鹉热衣原体感染
这是一种人鸟都可能会感染的衣原体，在医学上出现几率比较高，而一旦在出现之后，传染的几率超过于一般的感染现象。
