由于患者身体素质不同，支原体肺炎出现后遗症情况也有所不同。身体素质较好的患者无后遗症出现，而身体素质较差或病症较重的患者会出现喘息、肾脏、心脏多器官衰竭等后遗症。
无后遗症出现
通常情况下，身体素质较好的支原体肺炎患者，由于自身对于致病微生物的抵抗力较强，因此大多不会出现后遗症。
喘息、免疫力下降等轻微后遗症
身体素质较差的患者，多会出现免疫力明显下降、喘息甚至肺炎反复发作等后遗症，严重影响其生活质量。
多器官衰竭等较严重的后遗症
重度支原体肺炎患者，由于感染情况较为严重，即使接受了较为有效的治疗，也会受病症的影响而出现心脏、肾脏甚至肺部多器官不同程度衰竭的后遗症。
