一般来说，试管婴儿技术是安全的，但可能会出现并发症。
1、卵巢过度刺激综合征
由于多个卵泡生长，体内因素发生变化，血管内的液体泄漏到腹腔，甚至胸腔内，引起胸腹水。发生率约为10%。许多人症状轻，腹胀、腹部不适、轻度恶心，可以不处理，但少数人出现严重腹胀、尿少、腹痛、纳差，甚至出现胸闷、气短等症状，需要给予静脉补液，住院治疗。不足1%的人可能会出现血栓或肾衰竭。
2、取卵造成的损伤
(1)膀胱损伤，患者可出现血尿，通常通过留置输尿管进行膀胱清洗，达到止血的目的。
(2)偶尔穿刺肠管和骨盆内的血管。
(3)卵巢出血:少数情况下穿刺的卵巢持续出血，有时需要腹部止血。
(4)骨盆感染。
3、卵巢扭转
促排卵治疗导致多个卵泡生长，或取卵后形成多个黄体囊肿，使卵巢明显增大，此时女性活动过度或改变姿势过快时，卵巢扭转。患者突然出现剧烈腹痛，伴有恶心、呕吐，扭曲的卵巢不能立即复位，可能需要手术治疗，严重时需要手术切除坏死卵巢。
4、多胎妊娠
由于多胎移植到子宫，试管婴儿技术引起的多胎妊娠率明显高于自然妊娠，约为25-30%。多胎妊娠晚期流产和早产的风险明显高于单胎妊娠，母亲患妊娠期糖尿病、妊娠期高血压病、难产和产后出血的风险明显增加。因此，多胎妊娠对母子都不利。现在很多试管婴儿中心为了降低多胎妊娠率，开始减少移植胚胎数量，或者进行单胚胎移植。对于三胎或三胎以上的妊娠者，必须减少胎儿，对于二胎妊娠者，建议患者减少胎儿。
5、异位妊娠
一般人异位妊娠的发生率为1%~2.5%。试管婴儿将胚胎移植到子宫内，但由于输卵管倾斜因子对胚胎的影响，胚胎流入输卵管内，在输卵管内植入发育，引起异位妊娠。有时胚胎也会种植在宫颈等部位。因此，接受试管婴儿治疗不能防止异位妊娠的发生，相反接受试管婴儿治疗的女性异位妊娠的发生率比普通人高2%~4%。
