假膜性肠炎由两种菌群引起毒素。
1、难辨梭状芽孢杆菌
是与抗生素相关的假膜性肠炎的重要发病原因。从婴儿的粪便中分离出来的细长的严格厌氧的革兰阳性杆菌，这种细菌是体内常驻细菌，存在于正常人的肠道中。在没有接受抗生素治疗的患者中，难以区分的梭状芽孢杆菌数量只占厌氧菌的2%~3%，细菌产生的毒素少，甚至不产生对人体疾病的毒素。
2、凝固酶阳性溶血性耐药金黄色葡萄球菌
使用大量广谱抗生素后(如土霉素、氯霉素、四环素、氨溴索、先驱霉素等)，抑制肠道中含大肠杆菌的各种菌群，耐药金黄色葡萄球菌大量繁殖外毒素将这种患者的粪便涂层作为革兰染色，可以找到很多球菌，将这种细菌产生的毒素注射给动物也可以发生假膜性肠炎。
正常情况下肠胃是一个平衡的生态系统，肠内存在大量细菌，这些细菌的菌种和数量基本上是一定的。这些细菌有助于细菌本身和它所引起人体产生的抗体来抵抗感染。一旦某些因素使该系统失去生态平衡，就会导致疾病。抗生素最易产生菌群的比例失调，因此是假膜性肠炎发病的重要原因之一。最常引起假膜性肠炎的抗生素依次是氨苄青霉素、氯林可霉素和头孢菌素类。不常发生的是青霉素、红霉素和复方新诺明。偶尔会引起氯霉素、四环素、甲硝唑和氨基糖苷类药物。癌症和手术是一个重要的易感因素。
