假膜性肠炎治疗的目标是消除细菌、消除或减弱细菌毒素的作用，帮助肠道正常菌群，改善全身和腹部消化道的症状。具体治疗方法如下:
一、病因治疗
非常重要，临床药物要严格把握适应证，大量使用广谱抗生素要严格观察消化道的变化。怀疑本病或明确诊断应立即停止使用的抗生素。停用抗生素有利于肠道其他细菌，特别是需要氧菌的生长，抑制厌氧菌的生长，恢复正常的肠道环境。
二、抗生素的应用
在大便培养和药物敏感实验得出结果之前，应立即改用抗生素，可以使用目标强的狭谱抗生素。
三、支持正常菌群
梭状芽胞杆菌肠道定植阻力的丧失是假膜性肠炎病理的重要因素，理论上可以用重建正常菌群的方法治疗。
1、药物治疗:乳酶生、维生素c、叶酸、复合维生素b、维生素b12、谷氨酸等促进肠内球菌正常菌群繁殖的乳糖、蜂蜜、麦芽糖等促进肠杆菌繁殖。
2、健康人粪用:健康人肠含有正常菌群粪为供体，粪灌肠方式治疗假膜性肠炎可取得良好效果。
四、对症和全身支持治疗
1、抗震和抗毒血症治疗:补充血容，给予全血、血浆或白蛋白，提高抵抗力和抗震能力。对毒血症的治疗可以在短期内应用。肾上腺皮质激素有助于减轻毒血症，纠正休克。但是，不需要大量的剂量，长期使用。血压低可以使用多巴胺、间羟胺等血管活性药物。
2.纠正水电解质紊乱和酸碱平衡失调:腹泻可引起脱水，一般为等渗透性脱水，应根据生化检查和尿量补充失去的水和钾、钠盐。用碱性药物纠正酸中毒。单纯用静脉补充液体往往很难补充血容，如果肠道还有正常粘膜可以吸收水分，可以通过口服渠道补充葡萄糖盐水，葡萄糖在被吸收的同时作为载体吸收钠离子，有利于补充钠的丢失和酸碱平衡的恢复。
3、肠外营养(PN):本病严重腹泻，病程影响饮食，病程长，容易引起氮的负平衡。因此，PN治疗可以增强机体抗病能力，加快组织修复。
4、治疗基础疾病:治疗过程中要注意治疗基础疾病，纠正心力衰竭，改善肝功能等。
五、手术治疗
在非手术积极治疗下，病程无改善，怀疑肠坏死、肠穿孔或发生中毒性巨结肠的，可在纠正酸中毒、补血容量的同时积极手术探索。
