婴儿便秘的原因之一:饮食不足
监护人饲养不当导致婴儿饮食不足时，食物消化后液体吸收残渣少，婴儿大便减少，增稠。奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥。饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，收缩力减弱，形成恶性循环，加重了婴儿便秘。
婴儿便秘的原因之二：食物成分不当
食物成分与大便性质关系密切。如食物中含大量蛋白质，而碳水化物不足，肠道菌群继发改变，肠内容发酵过程少，大便易呈碱性，干燥；如食物中含较多的碳水化物，肠道发酵菌增多，发酵作用增加，产酸多，大便易呈酸性，次数多而软；如食入脂肪和碳水化物都高，则大便润利。如进食大量钙化酪蛋白，粪便中含多量不能溶解的钙皂，粪便增多，且易便秘。碳水化物中米粉、面粉类食品比谷类食品容易便秘。儿童偏食，许多儿童喜欢肉类，不吃蔬菜，食物中纤维素过少，容易便秘。
婴儿便秘的原因3:肠道功能异常
婴儿没有养成规律的生活习惯和没有按时排便的训练，没有排便的条件反射也是便秘的常见原因。另外，学龄的孩子没有早上大便的习惯，学习时间不能随时排便，上课时停止大便也是便秘的常见原因。常用泻剂或灌肠，缺少体力活动，或患慢性病如：营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神经功能失常，腹肌软弱或瘫痪也常使大便秘结。服用一些药物可以减少肠蠕动和便秘，如抗胆碱药物、抗酸剂、抗痉挛药物、利尿剂、铁剂等。
婴儿便秘的原因4:体格和生理异常
婴儿患有肛裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂、肿瘤压迫马尾等疾病。肛指检查、下脊柱和会阴部检查。有些患儿出生后即使秘密，也有家族史，可能与遗传有关。
婴儿便秘的原因5:精神因素
有些婴儿突然受到精神刺激，或者环境和生活习惯的突然变化，都会引起婴儿短时间便秘。
