子宫性闭经的原因在子宫，先天性无子宫或子宫发育不良，子宫内膜损坏或子宫切除的病例，即使卵巢功能健全，性激素分泌正常，也无月经来潮。子宫性闭经的鉴别诊断如下：
卵巢性闭经
没有卵子的发育，也就没有月经，此类闭经称为卵巢性闭经。其原因可因先天卵巢发育不全而无卵子，或因后天多种原因卵子耗竭而闭经。前者为原发性卵巢性闭经;而后者为继发性卵巢性闭经，亦称为卵巢早衰。
下丘脑-垂体性闭经
正常月经是由中枢神经系统、下丘脑-垂体前叶和卵巢功能之间相互调节而控制的。任何因素直接或间接影响下丘脑-垂体功能，导致下丘脑分泌促性腺释放激素，以及垂体前叶分泌促性腺激素的功能低下或紊乱，导致闭经即为下丘脑-垂体性闭经，包括以下3种类型：
1.先天性无子宫或子宫发育不良：属原发性闭经，有正常的卵巢功能，患者的外生殖器和第二性征发育良好，细胞遗传学检查性染色质为阳性、核型为46XX。
2.子宫内膜损坏或子宫切除：如子宫内膜因受放射治疗破坏、刮宫过深或吸宫负压过高、严重感染、哺乳时间过长可使子宫内膜过度萎缩，导致闭经。
3.子宫内膜反应不良：子宫内膜对卵巢激素分泌的性激素不起反应，无周期性改变，故无月经。
